gff文件_gb格式注释文件转换成gff3注释文件格式

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我是靠谱客的博主悦耳音响，最近开发中收集的这篇文章主要介绍gff文件_gb格式注释文件转换成gff3注释文件格式，觉得挺不错的，现在分享给大家，希望可以做个参考。

今天在NCBI下载了酵母的参考基因组，没有找到gff格式的基因组注释文件，只找到了genbank格式的基因组注释文件。应该会有现成的工具来实现常用的基因组注释文件不同格式之间的相互转换。比如gtf、gff、和genbank之间的相互转换。

经过搜索找到三款工具可以把gb格式文件转换成gff格式注释文件。

参考

https://www.biostars.org/p/140013/

使用conda安装EMBOSS

conda install emboss

seqret命令转化

seqret -feature -osformat2 gff3 -outseq chr01.gff chr01.gb

参考链接

http://lindenb.github.io/jvarkit/GenbankToGff3.html

这是一个java程序我没有安装成功

最开始服务器上没有安装java，

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