概述
无论你是要看某个基因是否差异表达或者筛选某个GEO数据集的差异基因，这个方法绝对能够帮助你事半功倍
首先假设你已经找到了一套数据GSE32323
这套数据共包含44个样本，其中有17个配对的癌与癌旁样本
我们先下载数据，如图
然后使用GEO芯片数据转换器提取出表达矩阵和样本信息表 (不会提看这里)如图：
打开SampleInfo.xls文件编辑样本顺序和分组
最终修改后的样本信息表为(为什么cancer排在前面？软件默认前面比后面啊)：
打开，长这个样子
看似需填项比较多，其实无非就四步
1、选择表达矩阵
2、选择样本信息表(因为你要告诉软件怎么分组的嘛)
3、选择筛选差异的方法，如果是芯片数据当然选择limma了，如果是RNA-Seq的counts数据，选择DESeq2或者edgR也行啊
4、选择样本分组列，然后选择结果保存目录点击运行就行了
示例如下：
等提示跑完，打开结果保存的目录
总共得到三个文件
1、cancer-vs-normal.limma.txt
最后
以上就是凶狠樱桃为你收集整理的geo差异表达分析_如何极其简单的使用GEO数据来做差异分析的全部内容，希望文章能够帮你解决geo差异表达分析_如何极其简单的使用GEO数据来做差异分析所遇到的程序开发问题。
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