我是靠谱客的博主 体贴小懒猪,最近开发中收集的这篇文章主要介绍关于fix shake以及compute命令的应用问题,觉得挺不错的,现在分享给大家,希望可以做个参考。

概述

我最近写了一个关于超临界水的in文件,里面用到了fix shake命令,但运行的时候一直报错ERROR: Invalid fix style,我对照manuel检查了命令格式,没有发现问题,禁了fix shake后运行又出现ERROR: Invalid compute style,都没查出问题在哪里,请各位大侠不吝赐教,小女子先谢过了
以下是我的in文件
units real
dimension 3
boundary p p p
atom_style full
pair_style lj/charmm/coul/charmm 7.5 8.0 8.0 10.0
bond_style harmonic
angle_style harmonic 
read_data data.Mol 
angle_coeff 1  55.0000   104.5200 
bond_coeff  1  450.0000   0.9572 
pair_coeff 1 1 0.1521 3.1507
pair_coeff 1 2 0.0836 1.7753
pair_coeff 2 2 0.0460 0.4000
region 1 block INF INF INF INF INF INF 
velocity all create 640 100 
velocity all scale 640 
#group water type 1 2
fix 1 all shake 0.0001 20 0 b 1 a 1
fix 2 all npt temp 640 760 1000 iso 236.92 236.92 1000 drag 1
timestep 0.01
compute 1 all ke
compute 2 all pe
compute 3 all temp 
compute 4 all dilatation/atom
compute 5 all displace/atom
thermo 500
thermo_style custom temp press density vol pe ke etotal enthalpy
run 1000

data文件如下
LAMMPS data file from msi2lmp v3.8 for Mol

      6 atoms
      4 bonds
      2 angles
      0 dihedrals
      0 impropers

   2 atom types
   1 bond types
   1 angle types

    -0.854007846     3.056692154 xlo xhi
    -0.764937233     3.145762767 ylo yhi
    -1.347689527     2.563010473 zlo zhi

Masses

   1  15.999400
   2   1.007970

Atoms

      1      1   1 -0.798200     0.121798883     0.387575451     0.043193656   0   1   0
      2      1   2  0.399100     0.308427222     1.054689176    -0.656528781   0   1   0
      3      1   2  0.399100     0.163119246    -0.433256524    -0.481969457   0   1   0
      4      2   1 -0.798200     1.973583684     2.001768480     1.988670964   0  -1   0
      5      2   2  0.399100     2.453643042     1.441265665     1.343893247   0  -1   0
      6      2   2  0.399100     1.587480847     2.690434354     1.408703210   0  -1   0

Bonds

     1   1      1      2
     2   1      1      3
     3   1      4      5
     4   1      4      6

Angles

     1   1      2      1      3
     2   1      5      4      6

 fix shake 所需要的rigid panckage 出问题了

在MS里面进行建模,然后再lammps里面运行,建模的有机分子是BMIM-,我们的烷基侧链是丁烷的 文献中提示里面的C-H 采用fix shake 进行constrained,但是一直报错 fix shake

我们的fix shake命令式这样的:

fix             mobile0 mobile  shake 0.0001 20 10 b 4 6 7 9 11 13  #对bond 4 6 7 9 11 13 进行constrained

结果一直报错,错误如下:
|
fix             mobile0 mobile  shake 0.0001 20 10 b 4 6 7 9 11 13
ERROR: Shake cluster of more than 4 atoms (../fix_shake.cpp:901)
求大神指点指点的啊    下图是建模基本分子的BMIMPF6
lammps里面的fix  shake 命令求助

lammps中fix shake只能限制小基团的键长键角,比如水分子,CH3 ,CH2这样比较小的基团,你的碳链太长,应该是这个问题,手册中有详细的介绍, In LAMMPS, only small clusters of atoms can be constrained. This is so the constraint calculation for a cluster can be performed by a single processor, to enable good parallel performance. A cluster is defined as a central atom connected to others in the cluster by constrained bonds. LAMMPS allows for the following kinds of clusters to be constrained: one central atom bonded to 1 or 2 or 3 atoms, or one central atom bonded to 2 others and the angle between the 3 atoms also constrained. This means water molecules or CH2 or CH3 groups may be constrained, but not all the C-C backbone bonds of a long polymer chain,

长碳链lammps貌似是实现不了,如果你懂编程可以自己试试,或者换个软件吧

 

转载于:https://www.cnblogs.com/Simulation-Campus/p/8733715.html

最后

以上就是体贴小懒猪为你收集整理的关于fix shake以及compute命令的应用问题的全部内容,希望文章能够帮你解决关于fix shake以及compute命令的应用问题所遇到的程序开发问题。

如果觉得靠谱客网站的内容还不错,欢迎将靠谱客网站推荐给程序员好友。

本图文内容来源于网友提供,作为学习参考使用,或来自网络收集整理,版权属于原作者所有。
点赞(49)

评论列表共有 0 条评论

立即
投稿
返回
顶部