概述
这是层次聚类的一个很好的问题.使用完整的链接聚类,您将获得紧凑的集群,您所要做的就是确定两个集群应该被视为不同的截止距离.
首先,您需要将相关矩阵转换为不相似矩阵.由于相关性在0和1之间,1相关性将很好 – 高相关性得分接近0,低相关性得分接近1.假设相关性存储在数组corrMat
%# remove diagonal elements
corrMat = corrMat - eye(size(corrMat));
%# and convert to a vector (as pdist)
dissimilarity = 1 - corrMat(find(corrMat))';
%# decide on a cutoff
%# remember that 0.4 corresponds to corr of 0.6!
cutoff = 0.5;
%# perform complete linkage clustering
Z = linkage(dissimilarity,'complete');
%# group the data into clusters
%# (cutoff is at a correlation of 0.5)
groups = cluster(Z,'cutoff',cutoff,'criterion','distance')
groups =
2
3
2
2
3
2
1
为了确认一切都很棒,您可以将树形图形象化
dendrogram(Z,0,'colorthreshold',cutoff)
最后
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