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培训会议、招聘广告

培训

• 10月11-13日，北京，转录组分析技术研讨会(19年最后一期)

• 10月25-27日，北京，16S扩增子分析技术研讨会第六期

• 11月1-3日，北京，宏基因组分析技术研讨会第六期

• 11月29日-12月31日，北京，单细胞转录组第二期

会议

• 6天成为Adobe Illustrator、Photoshop、统计作图高手，轻松制作CNS论文插图！

• 7月26-30日，第十四届全国菌根学术研讨会

• 10月15-26日，云南，包吃包住包机票的培训-高通量条形码培训班|截止5月31日

招聘

• 哈佛医学院刘洋彧组诚聘博后-微生物组学方向

• NLM江晓芳组招博后-生物信息和微生物组方向

• 华中农大津田賢一组招植物微生物组、生物信息方向博士后

• 中科院深圳先进院微生物组中心马迎飞组招聘

• 西湖大学鞠峰组招聘博士后-环境微生物组、污水处理与资源化方向

• 同济医院马丁院士团队博士后招聘启事—宏基因组学、生物信息学

• 美国辛辛那堤儿童医学中心招生物信息博士, 博士后和访问学者——单细胞转录组和表观方向

• 还在为投文章发愁吗，也许你更适合审别人的文章——JGG期刊专职编辑招聘（IF>4）

• 南科大翟继先组招聘，博士生8万+，博后34万+

• 西奈山医学院房刚组招聘博后—宏基因组与表观基因组

• 林科院亚热带所袁志林组招聘博后—林木根际微生物

• 中科院深圳先进院戴磊组招聘-微生物组、蛋白质进化

• 德国马普育种所植物与微生物互作方向招收博士博后

• 诚招培训招生主管、招生助理、公众号编辑

• 湖南大学生物学院教师及博士后招聘

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科研经验

• Nature：给博士研究生的四条箴言Four golden lessons，颜宁推荐

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• AI学习三步曲 1基本图形绘制 2模式图 3排版

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• 文献阅读 1热心肠 2SemanticScholar 3geenmedical 猫咪论文

• 生信编程模板  Perl  Shell  R

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• SCI论文写作1.论文的三段式结构 2.引言的逻辑解析

软件流程

• Graphpad经典绘图工具初学

• GraphPad Prism —— 简单又好用的生物数据统计绘图软件

• BIOM：生物观测矩阵——微生物组数据通用数据格式

• Gephi轻松绘制超美网络图

• 在线浏览器，在线PS，在线AI，在线编程

• STAMP——微生物组间差异统计分析 简明教程 中文帮助文档

• 微生物网络构建：MENA, LSA, SparCC和CoNet  

• Cytoscape: MCODE包实现网络模块化分析

• Cytoscape的GIANT增强包分析网络图的Z、P-score

• Cytoscape制作带bar图和pie图节点的网络图

• FUNGuild：真菌功能注释

• 在线RaxML构建系统发育树

• MetaboAnalyst 4.0，代谢组学研究利器的升级

• Genevestigator: 查找基因在发表研究中的表达

• psRobot：植物小RNA分析系统  

• RepeatMasker：基因组重复序列注释

• 基因组注释 1重复序列 2非编码和编码基因 3功能注释Prokka

• GraPhlAn：最美进化树或层级分类树

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软件基础必学系列

• Linux命令screen—终端切换，工作环境保存，画面同步，防断网

• 玩转花式截图、录屏——FastStoneCapture使用指南

• Nature Method：Bioconda解决生物软件安装的烦恼

• 数据的质量控制软件——fastQC

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扩增子分析

• 价值130欧元的《微生物组分析Microbiome Analysis》2018版电子书

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• 微生物组领域近十年最重要的8个软件或算法

扩增子教程

• 扩增子图表解读-理解文章思路

• 扩增子分析流程-把握分析细节

• 扩增子统计绘图-冲击高分文章

• 16S功能预测 0概述   1KO通路PICRUSt  2元素循环FAPROTAX  3表型bugbase 4KO通路Tax4Fun  

• PICRUSt2：OTU/ASV等16S序列随意预测宏基因组，参考数据库增大10倍

• 水稻微生物组时间序列分析 1模式图与PCoA  2a相关分析 2b散点图拟合 3冲击图 4随机森林回归

• 9个模块＋40余款软件＋老司机辣评 | 16S信息分析流程软件和数据库合集

• Nature Method ：Striped UniFrac算法分析微生物组大数据

QIIME 2最新教程中文(2019.7)

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• Cell：肠道菌群促进帕金森发生ParkinsonDisease

• 7差异丰度分析gneiss

• 8数据导入Importing

• 9数据导出Exporting

• 10元数据Metadata

• 11数据筛选Filtering

• 12训练特征分类器Training

• 13数据评估和质控Evaluating

• 14机器学习分类和回归预测Classifier

• 15进行纵向和成对样本比较Longitudinal

• 16鉴定和过滤嵌合体序列q2-vsearch

• 17序列双端合并read-joining

• 18使用q2-vsearch聚类OTUs

• ANCOM：找出微生物群落中的差异物种

易生信-扩增子教程

• 01-背景介绍

• 02-真菌引物选择

Webserver在线分析平台

• MicrobiomeAnalyst：可视化微生物组网页工具

• NAR：gcMeta——全球微生物组数据存储和标准化分析平台

• NAR：rrnDB-16S拷贝数校正数据库

• METAGENassist帮你搞定宏基因组分析的图形需求

• SILVAngs:16S/18S在线分析1  2

• 微生物组数据库（http://egcloud.cib.cn）正式上线

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• NAR：UNITE真菌鉴定ITS数据库

宏基因组分析

• Springer发表第二版“宏基因组学”研究最新指导书

软件评测和简介

• Cell：20种宏基因组学物种分类工具大比拼

教程系列

• 宏基因组分析教程

• 1简介-定义、方法和数据库

• 2扩增子-微生物群落多样性

• 3PICRUSt功能预测

• 4宏基因组物种组成和分箱

• 5宏基因组功能数据库与通路

• 6宏转录组流程和功能

• 7挖掘微生物组生物标记

• 4500元的微生物组培训资料

• 微生物组助手——最易学的扩增子、宏基因组分析流程

• GigaScience：ASaiM基于Galaxy微生物组分析框架

• 斯坦福大学统计系教授带你玩转微生物组分析

• 30余款宏基因组分析软件经验总结上 中 下

• 微生物组学数据分析工具综述 | 16S+宏基因组＋宏病毒组＋宏转录组

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• 7bwa序列比对, samtools查看, bedtools丰度统计

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分箱专题

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• DAS工具: 利用去重、聚合和评分的策略从宏基因组中恢复基因组

• 一文读懂宏基因组binning

统计分析及可视化

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• microbiomeViz：绘制lefse结果中Cladogram

• Nmeth：DEMIC——使用宏基因组数据预测细菌的生长速率

• curatedMD包挖掘宏基因组公共数据库

三代测序专题

• NBT：牛瘤胃微生物组的参考基因组集

• NBT：宏基因组二、三代混合组装软件OPERA-MS

• NBT封面：纳米孔宏基因组6小时识别下呼吸道病原体

• 纳米孔测序揭示冻土冻融对土壤微生物群落变化的影响

Linux与Shell

• 生信人值得拥有的编程模板-Shell

• 生信人值得拥有的编程模板-Perl

• 手把手教你生信分析平台搭建

• Windows轻松实现linux shell环境：gitforwindows

• 开启win10内置Linux子程序

• Docker的基本使用-Ubuntu18.04

• linux 极简统计分析工具 datamash

• csvtk：高效命令行版极简dplyr

R统计绘图

R语言基础系列：

• 编程模板-R语言脚本写作：最简单的统计与绘图，包安装、命令行参数解析、文件读取、表格和矢量图输出

• R语言统计入门课程推荐——生物科学中的数据分析Data Analysis for the Life Sciences

• 数据可视化基本套路总结

• 你知道R中的赋值符号箭头<-和等号=的区别吗？

• 使用dplyr进行数据操作30例

• 交集intersect、并集union、找不同setdiff

• R包reshape2，轻松实现长、宽数据表格转换

• 1数据类型（向量、数组、矩阵、 列表和数据框）

• 2读写数据所需的主要函数、与外部环境交互

• 3数据筛选——提取对象的子集

• 4向量、矩阵的数学运算

• 5控制结构

• 6函数及作用域

• 7认识循环函数lapply和sapply

• 8分解数据框split和查看对象str

• 9模拟—随机数、抽样、线性模型

ggplot2绘图基础系列：

• ggplot2高效实用指南 (可视化脚本、工具、套路、配色)

• ggplot2地理信息可视化 上 下

• 1初识ggplot2绘制几何对象

• 2图层的使用—基础、加标签、注释

• 3工具箱—误差线、加权数、展示数据分布

• 4语法基础

• 5通过图层构建图像

• 6标度、轴和图例

• 7定位-分面和坐标系

• 8主题设置、存储导出

• 9绘图需要的数据整理技术

• ggThemeAssist：鼠标调整ggplot2主题，不用再记这些代码啦！

高级统计绘图：

• 50个ggplot2可视化案例

• R语言大会：宏基因组数据分析和可视化套路总结

• 28个实用绘图包，总有几个适合你

• 热图绘制

• 获取pheatmap聚类后和标准化后的结果

• R做线性回归

• 绘图相关系数矩阵corrplot

• 相关矩阵可视化ggcorrplot

• 绘制交互式图形recharts

• 交互式可视化CanvasXpress

• 聚类分析factoextra

• LDA分析、作图及添加置信-ggord

• 解决散点图样品标签重叠ggrepel

• 添加P值或显著性标记ggpubr

• R语言一键批量完成差异统计和可视化

• Alpha多样性稀释曲线rarefraction curve

• 堆叠柱状图各成分连线画法：突出组间变化

• 冲击图展示组间时间序列变化ggalluvial

• 桑基图riverplot

• 微生物环境因子分析ggvegan

• 五彩进化树与热图更配ggtree

• 多元回归树分析mvpart

• 随机森林randomForest 分类Classification 回归Regression

• 加权基因共表达网络分析WGCNA

• circlize包绘制circos-plot

• R语言搭建炫酷的线上博客系统

• 使用ComplexHeatmap包绘制个性化热图

• R包circlize：柱状图用腻了？试试好看的弦状图

• Science组合图表解读：相关corrplot+环境因子连线

• gganimate绘制动图观察连续变化数据

实验设计与技术

• 微生物组取样和DNA提取建议

• 微生物常见20种培养基配方

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• 扩增子引物选择 16S结构 16S单V4区是最佳选择? 引物评估

• 海洋可培养微生物的鉴定与分类

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• 根际土Rhizosphere/Rhizoplane如何取

• Microbiome: 室温存储样本方法比较

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基础知识

• 有声专栏-宏基因组专业词汇—001宏基因组

• Nature综述：Microbiota, metagenome, microbiome傻傻分不清

• Microbiome：微生物组名词定义

• 群落生态学的 α-、β-、γ-多样性

• 16S测序，不知道OTU你就out了！

• 扩增子分析还聚OTU就真OUT了

• 主流非聚类方法dada2,deblur和unoise3介绍与比较

• 排序方法比较大全PCA、PCoA、NMDS、CCA

• Adonis和ANOSIM方法组间整体差异评估原理

• PCoA距离算法大全

• 二代测序数据统计分析中为什么是负二项分布？

• 读懂PCA和PCoA

• LEfSe分析，你真的懂了么

• 宏基因组基础知识梳理

• 功能基因多样性研究概述

• 扩增子SCI套路 1群落结构差异 2组间差异 3总结

• 环境因子关联分析—CCA还是RDA

• P值背后那些事儿

• 轻松看懂机器学习十大常用算法

• 一文读懂随机森林在微生态中的应用

• 你想知道的ROC曲线

• 相关分析：Spearman、Kendall和Pearson

• 学习全基因组测序数据分析 1测序技术 2fasta&fastq

• 一文读懂Nanopore测序技术的发展及应用

作者解读

作者解读专栏，由论文作者，来亲自讲述文章结果和背后的故事。

• NBT封面：水稻NRT1.1B基因调控根系微生物组参与氮利用

• Science：拟南芥三萜化合物特异调控根系微生物组 专家点评

• Sciences：用膳食纤维”钓”出15株缓解糖尿病的细菌！

• Cell Research封面 | 刘志华组揭示肠道菌群可促进胰岛素的分泌

• Microbiome：环境过滤驱动农田生态系统土壤古菌独特的空间分布

• Microbiome：根系分泌物驱动土壤记忆抵御植物病原菌

• Microbiome：马铃薯疮痂病与土壤微生物组关系新进展

• Microbiome：所谓的“富集培养”获得的微生物真的都是被“富集”出来的吗？

• Microbiome：鸡肠道微生物宏基因集(张和平、魏泓、秦楠点评)

• Microbiome：应用多维宏组学方法协同揭示复杂细菌群落对目标底物代谢的菌间相互关

• Microbiome：利用Nanopore高通量测序技术解析污水处理体系可移动抗性基因组

• Gut：人体最初的微生物起源与生殖健康 孕期健康对孩子至关重要

• Gut：人体口腔菌群的稳定性和动态变化规律 科普：口腔微生物——“你的大能量，超乎我想象”

• Microbiome：土壤微生物驱动退耕还林系统土壤剖面的养分循环

• BA：根际微生物组提高植物耐盐性的研究进展

• PC: 陈峰等纵论口腔菌群何以影响全身

• SBB：石油污染土壤微生物群落构建与生物多样性研究

• SBB：增温掩盖不同形态氮素对青藏高原草地微生物群落的作用

• SCLS：水稻微生物组时间序列分析

• SCLS：拟南芥二半萜类化合物调控根系微生物组

• 中国微生物组计划—农作物微生物组  

• 应用生态学报：东北黑土区不同纬度农田土壤真菌分子生态网络的比较

• EID：宏基因组测序在新发腹泻病毒鉴定中的应用

• GPB：农业生产活动对水体微生态的重要影响

• GPB：菊粉改善糖脂代谢紊乱作用的机制

• Current Biology: 微生物所白逢彦组段守富揭示酿酒酵母通过基因网络的逆向进化适应环境的新机制

文献精读

精读主要是指全文翻译，一字不落的阅读，通常字数过万

• Science：肠道菌群又添一大功能，揭示你的真实年龄

• Science：亚硝酸盐氧化细菌在黑暗海洋中的主要作用

• Science：又一明星菌群可以调控肠道免疫？

• Nature：人类胎盘应该真的是无菌的

• 10篇Nature专题报导人类微生物组计划2(iHMP)成果及展望

• Nature：iHMP之“微生物组与炎症性肠病”

• Nat. Med.：iHMP之“微生物组与早产”

• Nat. Med. ：婴儿生命早期肠道病毒组和细菌组的动态

• Nature：iHMP之“微生物组与前驱糖尿病”

• Nature：人体菌群研究的25个里程碑

• Nature：首个肠道微生物对药物代谢影响的系统性研究

• Nature：TEDDY计划中幼儿肠道微生物组随时间的发育

• Nature: 来自细菌的通告——群体感知效应

• Nature：皮肤微生物群-宿主相互作用

• NBT封面：纳米孔基因组测序快速临床诊断细菌性下呼吸道感染

• NBT：MaPS-seq测序方法揭示肠道微生物空间分布

• NRM：人类微生物培养及培养组学culturomics

• NRM: 蓝藻水华的形成机理及防治动态

• NRM: 拥抱未知-解析土壤微生物组的复杂性

• NRM: 追“根”溯源：植物根际的微生物生态

• NRM 关键物种对于微生物菌群结构和功能的驱动作用

• NRM：多年冻土的微生物组

• Nature综述: 给医生的菌群分析指南上 下

• NC：南农沈其荣、张瑞福团队揭示多样性激发的确定性细菌装配过程限制群落功能

• NC：你觉得你吃的是草，其实你还是吃的土(遗传发育所朱峰)

• NC：恢复菌群多样性或能降低耐药性

• NC：蜜蜂肠道微生物的多样性

• NC：应对干旱 细菌崩了 真菌依然很稳（纯网络分析发Nature子刊）

• PNAS: 干旱延缓高粱根系微生物组的建成并富集革兰氏阳性菌

• PNAS：人类皮肤微生物的独特性和哺乳动物的系统发育共生现象

• Microbiome：野生哺乳动物的皮肤和肠道微生物对核污染的反应

• NAR：MicrobiomeAnalyst——统计、可视化微生物组数据

• Nature综述：微生物的社交网络 - 营养缺陷型如何塑造复杂群落

• Nature综述：优先效应在生命早期肠道微生物组形成中的作用

• Nat. Ecol. Evol.：不想当化学家的物理学家不是好的生物学家

• NM：微生物组数据系统发育分析的方法

• NM：全球污水处理厂细菌群落揭秘！

• Cell综述：人类肠道菌群-从关联到调控

• Cell ：根部微生物跨界的互作促进拟南芥生存

• Cell：新方法PopCOGenT鉴定微生物基因组间的基因流动

• Cell：小基因开启微生物组研究新领域——大规模鉴定微生物基因组编码的小蛋白质

• Cell子刊：人类微生物组参考基因集中的单体基因

• 肠菌亦“醉”人 | 中国团队登Cell子刊，发现60%的非酒精性脂肪肝与肠道菌有关，携带者体内酒精可达健康人4-6倍

• CHM综述-建立因果关系：合成菌群在植物菌群研究中的机会

• CHM：根瘤菌微生物群落的模块化特征及其与共生根瘤菌的进化关系

• CHM：成年同卵双胞胎的病毒组多样性与肠道微生物组多样性相关

• 对菌群影响药效和毒性的全面总结

• ISME：病原菌介导植物根际有益微生物群落组装

• ISME：菌根真菌菌丝分泌物中的果糖作为信号激发解磷细菌活化植酸

• ISME：微生物生态学中的挑战：建立对于群落功能与动态的预测性认识

• FEMS综述: 如何从微生物网络中的“毛线球”理出头绪

• FM：大熊猫的肠道菌群可能并没有特化出发酵纤维素的能力

• NC：免疫组库高通量分析工具：IGoR——更精确剖析免疫组库

• TEE综述：植物—土壤反馈(PSF)：自然和农业科学间的桥梁

• MER：1.8万字带你系统了解宏组学实验与分析

• Microbiome：土壤微生物群落对有机和无机土壤改良剂和细菌入侵的恢复力

• Microbiome：NGLess语言实现快速可重复分析宏基因组的流程NG-meta-profiler

• Molecular Plant：微生物跨界平衡维持植物健康

• 淡水：21世纪的分子微生物生态学

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科普视频-寓教于乐

• 一人一天发两篇Science，配视频揭秘：植物如何在与病菌的斗争中取胜？

• 肠道—刘洋彧-建肠道菌群生态网络

• CCTV9让尸体说话-法医密档

• 走进科学：枯草芽孢杆菌替代畜牧业抗生素添加

• 走进科学：锄禾者新说

• NHK再造人类生命的神奇细胞

• NHK一片看懂肠道菌群在人体中的作用

• NHK生命大跃进

• BBC人体奥秘之细胞的暗战

• BBC人体奥秘Inside.the.Human.Body

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科普图文

原创

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• 从几十人小药厂走出的惊天抗癌神药

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• 过年了，少喝点酒，多喝点茶—绿茶不仅仅是你想的那么简单

漫画科普

• 你看的每一篇Nature论文，都是这样出炉的！

• Nature审了个稿，却卷进一桩诺贝尔奖的公案！

• 起源、进化、创造、探索——穿越138亿年的时间之旅

• 染上艾滋的第22个小时，我完成了自救

• 艾滋病交响诗

• 被传染艾滋

• 生命简史

• 梅毒狂想曲

• 气候创造历史

• 厌氧君和好氧君谁是明日之子

• 疯狂的消化之旅——消化系统简介

• 生物学家也要了解的物理

• 真菌其实是长歪了的动物

• 那些不回微信的人，都在想什么？

• “我付了钱，为何要说谢谢？

其它

• 哈佛牙学院博士后：教你口腔保健基本功之刷牙篇

• 哈佛牙学院博士后：教你口腔保健基本功之牙线篇

• Nature: 你的肠道菌群是遗传自你父母还是后天

• Cell: 为了PK抗生素而服用益生菌？后果竟然如此严重

• 在Cell、Science、Nature发表一篇论文究竟有多难？

• 怎么跑都不累？自然医学揭秘微生物组提升运动表现

• 为了你的幸福，你知道细菌有多努力吗？

• 肠道菌群助你脱单，爱TA就请TA一起吃饭

• 56张图片带您认识细菌长啥样？

写在后面

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