概述
在芯片分析中,使用探针的信号强度来衡量表达量,但是探针的信号强度会受到噪声的干扰,所以需要去除背景噪声。
差异分析的结果是我们最关注的的结果,为了保证差异分析结果的可靠性,除了保证样本处理和实验阶段的准确性之外,还必须尽可能的减少干扰因素,比如减少技术重复之间的差异,常用的手段就是归一化。
在所有类型的芯片分析中,都会包含去除噪声和归一化两个步骤,合称为预处理。
不论是450K还是850K芯片,都有一系列的control probe。 常见的背景降噪算法都是通过control探针的信号强度来校正CpG探针的信号强度。
对于甲基化芯片而言,由于混合了I型探针和II型探针,其归一化策略和其他的芯片会有所不同,必须使用专门的算法。
I型探针和II 型探针之间的差异
450K和850K芯片都混合使用了I型探针和II 型探针,而这两种探针的信号强度的分布并不相同。
技术重复之间的差异
技术重复之间的beta 值分布也有差异,会对差异分析造成影响。
最后
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