我是靠谱客的博主 忐忑期待,最近开发中收集的这篇文章主要介绍minfi 分析甲基化芯片数据 - 预处理篇,觉得挺不错的,现在分享给大家,希望可以做个参考。

概述

在芯片分析中,使用探针的信号强度来衡量表达量,但是探针的信号强度会受到噪声的干扰,所以需要去除背景噪声。

差异分析的结果是我们最关注的的结果,为了保证差异分析结果的可靠性,除了保证样本处理和实验阶段的准确性之外,还必须尽可能的减少干扰因素,比如减少技术重复之间的差异,常用的手段就是归一化。

在所有类型的芯片分析中,都会包含去除噪声和归一化两个步骤,合称为预处理。

不论是450K还是850K芯片,都有一系列的control probe。 常见的背景降噪算法都是通过control探针的信号强度来校正CpG探针的信号强度。

对于甲基化芯片而言,由于混合了I型探针和II型探针,其归一化策略和其他的芯片会有所不同,必须使用专门的算法。

I型探针和II 型探针之间的差异

450K和850K芯片都混合使用了I型探针和II 型探针,而这两种探针的信号强度的分布并不相同。

技术重复之间的差异

技术重复之间的beta 值分布也有差异,会对差异分析造成影响。

最后

以上就是忐忑期待为你收集整理的minfi 分析甲基化芯片数据 - 预处理篇的全部内容,希望文章能够帮你解决minfi 分析甲基化芯片数据 - 预处理篇所遇到的程序开发问题。

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