概述
近几年,单细胞的研究蔚然成风,受到很多科研人员的青睐。小编为大家整理了迄今为止,最全的单细胞线上数据库,可以帮助你更准确地进行细胞注释和分析,也可以用作研究前期的数据探索。
单细胞数据库分类
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Human Cell Landscape (HCL)
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Human Cell Atlas (HCA )
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Human Protein Atlas (HPA)
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SC2disease
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Cell BLAST
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CellMarker
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PanglaoDB
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CancerSEA
单细胞数据库详情
01
Human Cell Landscape
Human Cell Landscape
HCL是由浙江大学团队打造的人类细胞谱图平台,包含60种人体组织和7种细胞系的细胞,跨越胚胎和成年两个时期,涵盖八大系统的人类细胞图谱。该成果于2020年3月份发表于Nature,作者开发了scHCL单细胞比对系统,可帮助鉴定人类细胞类型。
其中几大功能介绍如下:
名称 | 功能介绍 |
Landscape | 可对人体102种细胞类型进行可视化、也可以对细胞分组、筛选特定组织或基因进行可视化。 |
Gallery | 可下载特征组织的单细胞的表达矩阵以及基因聚类分析的结果。 |
Search | 可选择特定组织下的感兴趣基因,并获取该基因表达的柱状图和tSNE聚类图。 |
Run-scHCL | 允许用户自行上传RNA表达矩阵(scRNA或bulk RNA都可以),运行该模块后,可鉴定数据中的细胞类型,并提供交互式热图和csv文件结果。 |
02
Human Cell Atlas
Human Cell Atlas
人类细胞图谱(HCA)目前收录了33个组织,289个供体,共包含450,0000个单细胞测序数据,可呈现人体内不同组织下的细胞类型、数目、位置、以及彼此间的关联等。
剩余内容及详细使用指南<<<<
最后
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