我是靠谱客的博主 悦耳小土豆,最近开发中收集的这篇文章主要介绍2021常用单细胞数据库整理汇总,觉得挺不错的,现在分享给大家,希望可以做个参考。

概述

近几年,单细胞的研究蔚然成风,受到很多科研人员的青睐。小编为大家整理了迄今为止,最全的单细胞线上数据库,可以帮助你更准确地进行细胞注释和分析,也可以用作研究前期的数据探索。

 

 

 

单细胞数据库分类

 

 

  1. Human Cell Landscape (HCL)

  2. Human Cell Atlas (HCA )

  3. Human Protein Atlas (HPA)

  4. SC2disease

  5. Cell BLAST

  6. CellMarker

  7. PanglaoDB

  8. CancerSEA

 

 

单细胞数据库详情

 

 

 

 

01

Human Cell Landscape

 

Human Cell Landscape 

 

 

HCL是由浙江大学团队打造的人类细胞谱图平台,包含60种人体组织和7种细胞系的细胞,跨越胚胎和成年两个时期,涵盖八大系统的人类细胞图谱。该成果于2020年3月份发表于Nature,作者开发了scHCL单细胞比对系统,可帮助鉴定人类细胞类型。

其中几大功能介绍如下:

名称

功能介绍

Landscape

可对人体102种细胞类型进行可视化、也可以对细胞分组、筛选特定组织或基因进行可视化。

Gallery

可下载特征组织的单细胞的表达矩阵以及基因聚类分析的结果。

Search

可选择特定组织下的感兴趣基因,并获取该基因表达的柱状图和tSNE聚类图。

Run-scHCL

允许用户自行上传RNA表达矩阵(scRNA或bulk RNA都可以),运行该模块后,可鉴定数据中的细胞类型,并提供交互式热图和csv文件结果。

 

 

02

Human Cell Atlas

 

        Human Cell Atlas 

 

人类细胞图谱(HCA)目前收录了33个组织,289个供体,共包含450,0000个单细胞测序数据,可呈现人体内不同组织下的细胞类型、数目、位置、以及彼此间的关联等。

 

剩余内容及详细使用指南<<<<

 

最后

以上就是悦耳小土豆为你收集整理的2021常用单细胞数据库整理汇总的全部内容,希望文章能够帮你解决2021常用单细胞数据库整理汇总所遇到的程序开发问题。

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