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QIIME

http://qiime.org/
QIIME 就定量微生物生态(Quantitative Insights Into Microbial Ecology)的缩写，读音同chime [tʃaɪm]。
QIIME分析流程；2010发表在Nature Method上，目前被引12809次，是目前最主流的扩增子分析流程，虽然已经于今年停止维护，但积累用脚本和用户群，还会在将来很长一段时间内使用并引用它(这让我想起了WinXP和Win7，虽然久不更新但用户众多)，目前己发布QIIME2推荐新人直接上手，但QIIME功能之强大，连我现在也经常会用到它的脚本。

QIIME的安装

QIIME的安装常见有3种方式：

1. Linux服务器安装：首先得有台Linux服务器，官方推荐方法看似很简单，但由于LINUX版本及非常个性化的环境，而QIIME又依赖了上百个包和软件，每次都会遇到各种问题，有经验的人一般都想哭。2016年6月在centos和ubuntu上都安装成功了，每个安装都超过3天。还好目前推出了Conda安装，一句话搞定，使用详见官网或《Nature Method：Bioconda解决生物软件安装的烦恼》

2. Qiime docker预安装下载：也需要有服务器，还需要管理员将用户添加docker组，但安装使用非常方便，就相当于下载和运行一个程序。推荐下载yoshikiv/basespace-qiime-191-dev这个镜像；

3. 无服务器的Windows和Mac用户，可以下载虚拟机直接运行，本文重点讲解些方法。

1. 虚拟机及相关软件下载

VirtualBox最新版软件下载页：https://www.virtualbox.org/wiki/Downloads ，根据操作系统选择对应版本，本文只讲Windows10系统下的操作;
下载如下两个文件：这是我安装的版本，推荐大家到官网下载最新版。
VirutalBox 5.2.22 软件下载 https://download.virtualbox.org/virtualbox/5.2.22/VirtualBox-5.2.22-126460-Win.exe

QIIME 1.9.1 64-bit虚拟机下载 ftp://ftp.microbio.me/pub/qiime-release-VMs/QIIME-1.9.1-amd64.vdi.gz

2. 安装虚拟机

双击执行VirtualBox-5.2.22-126460-Win.exe文件，按提示下一步，全用默认选项即可，直至安装完成；

3. 加载QIIME虚拟机

下载的虚拟机压缩包有4G多，需要先解压缩才能使用，解压后有14G左右，请确保解压位置有足够空间。
按下图动画顺序配置和启动QIIME虚拟机：启动virtualbox程序 - 新建 - 名称输入”ubuntu” - 下一步 - 内存修改为4096 - 下一步 - 添加现在磁盘 - 选择QIIME-1.9.1-amd64.vdi文件 - 创建 - 启动

“此处操作动画有问题，请阅读原文”

4. 安装增强功能

在启动的QIIME虚拟机中，点设备菜单 - 安装增强功能 - 弹出菜单选择Run - 要求输入密码为”qiime” - 等待出现“Press Reture to close this window”，按回车关闭窗口即安装成功

5. 挂载外部目录

我们只有加载外部目录，才能用QIIME读取并分析数据；
点击右上角电源(齿轮形)按钮，选择“shut down”，弹出菜单再点”shut down”关闭虚拟机；
在Virutalbox主界面中：点击“设置” - 共享文件夹 - 点+号(添加共享文件夹) - 选择共享目录”QIIME”(可为任意名称，后面命令中与此一致名称及大小写一致)，勾选自动挂载 - OK - OK - 启动

打开终端 - 输入下面代码即可进入外面目录工作，# 号行为注释信息。  注意Linux中输入密码时无任何显示，是为了防止泄露密码位数，不要以为没有输入，输完回车即可。

# 切换至管理员，输入密码qiime
sudo su 
# 进入工作目录，注意下面的QIIME要与外部文件夹名大小写完全一致
cd /media/sf_QIIME
# 查看当前目录文件详细信息，可在外部挂载目录先新建个文件，是否看到文件来判断是否挂载成功
ll

以后的分析工作可以此目录中运行。

6. 如挂载目录失败处理

可在终端中运行下面两条命令修复后，再重复上面的操作即可。

# 要求输入密码吗，输入“qiime”
sudo apt-get update
sudo apt-get install virtualbox-guest-utils

Reference

1. http://qiime.org/

2. Caporaso, J. G., et al. (2010). “QIIME allows analysis of high-throughput community sequencing data.” Nat Methods 7(5): 335-336.

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