炙热冬天

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2年10月21天

python argparse 简明教程先看一个完整的例子然后咱们看看一些细节

本文档为本人自己根据官网文档的理解,重新整理,希望可以帮到大家。argparse的用途我就不介绍了,能搜到这里大家应该都是想快速搞明白怎么用它。1 最简单的用法import argparseparser = argparse.ArgumentParser()parser.add_argument('x', help="Please input a integer.")args = parser.parse_args()print(args.x)运行结果$ python arg

富集分析的原理与实现

一般做完差异分析都会做这一步,目的是找到差异基因富集到的通路,进而与生物学意义联系起来。具体的统计方法很简单,这篇笔记里面的代码可以从零搭建一个富集分析工具。后台回复20211007获取本文的测试数据和代码,以及(单细胞)转录组分析中可能用到的GO KEGG富集分析代码(这部分本文不演示)。关于Gene Ontology (GO), KEGG这些背景就不讲了,网上很多资料。将富集分析中的问题抽象出来,其实就是下图的“摸球”问题。蓝色方框中的球是所有的基因【共N个】,在探究某个特定通路