qiime2+biom+qiime1获得16S物种丰度
我们知道,不管是16S等扩增子测序,还是宏基因组,最后最重要的结果,就是物种的丰度情况了,qiime2给出的16S丰度结果是一个计数,对于许多软件来说这是可用的,那么如果我们想获得一个直接的百分比数据应该怎样做呢?当然,有许多方法可以实现,比如用shell, R, python脚本,或者再简单粗暴点,excel解决,透视表,公式,宏等。自己造轮子总是觉得不怎么踏实,出错咋办。那么,现成的软件有哪些呢,在这里,我抛砖引玉,提出一个曲线救国的方法,使用qiime2的前任qiime1解决,稍微做几步处