我是靠谱客的博主 温暖战斗机,最近开发中收集的这篇文章主要介绍使用jupyter notebook运行python和R,觉得挺不错的,现在分享给大家,希望可以做个参考。

概述

欢迎关注”生信修炼手册”!

一个图形化的交互式运行环境,对于编程语言的学习和开发,特别是可视化方面,提供了极大的便利。比如在window上使用R语言进行绘图,在R语言自带的交互环境中,可以实时观测到代码的可视化效果,从而方便的进行参数调整。

python语言基于命令行的交互式运行环境,可以方便的测试和运行简单代码,但是对于可视化的支持不是很友好,为此,有开发人眼开发出了ipython这一加强版的交互式运行环境,在ipython的基础上,又进一步打造出了jupyter notebook这一强大的交互式运行环境。

jupyter notebook是一款基于浏览器的应用,正如名字中的notebook一词所表示的含义,通过jupyter notebook,我们可以以笔记的形式记录和保存相关的代码和运行结果,并将结果以文档的形式与其他人共享。

基于jupyter notebook, 还有一款成熟的IDE, 即jupyter lab,提供了IDE的完整功能,本文我们主要介绍jupyter notebook的使用, 首先进行安装,其实就是一个python的模块,使用pip包管理器进行安装的代码如下

pip install notebook

安装成功后,在命令行中输入以下命令可以启动

jupyter notebook

启动之后,在默认的浏览器中会弹出对应的窗口,示意如下

在Files菜单中,显示的是电脑上的目录结构,可以点击进行跳转,相当于调整当前工作目录的作用。通过右上角的New菜单,可以新建文件夹或者文件。对于notebook而言,默认只提供了python语言的接口。实际上,jupyter notebook支持python,R Ruby, C++等多门编程语言,只不过需要安装对应的接口。

下面来介绍使用jupyter notebook运行python和R的方法

1. 运行python

默认情况下,只支持python的运行,通过New菜单新建notebook, 编程语言选择python, 然后就会弹出如下所示的窗口

Untitled是默认的文件名,可以双击进行修改。绿色方框称之为单元格,在单元格中可以输入python代码,文字注释等等, 单元格中的内容默认为代码,也可以通过下拉菜单进行调整。

在左上角的工具栏中,+号表示新增单元格,接下来是剪切,复制,粘贴功能,上下的箭头用于切换单元格,运行按钮用于运行单元格中的代码,示例如下

从上图可以看到,通过jupyter notebook, 可以直观的看到变量内容以及可视化的效果。将对应的文件进行保存,在工作目录下,会生成一个后缀为.ipynb的文件。

2. 运行R

在jupyter notebook中运行R语言,首先需要安装IRkernel这个R包,该R包的作用如下图所示

在R的交互环境中运行如下代码

> install.packages("IRkernel")
> IRkernel::installspec(user = FALSE)

安装成功后,重启jupyter notebook,就可以看到,在notebook中支持R语言了。使用方式和python类似,示例如下

通过jupyter notebook, 可以实时查看代码的运行效果,在开发可视化代码时,非常的好用。

·end·

—如果喜欢,快分享给你的朋友们吧—

原创不易,欢迎收藏,点赞,转发!生信知识浩瀚如海,在生信学习的道路上,让我们一起并肩作战!

本公众号深耕耘生信领域多年,具有丰富的数据分析经验,致力于提供真正有价值的数据分析服务,擅长个性化分析,欢迎有需要的老师和同学前来咨询。

  更多精彩

  • KEGG数据库,除了pathway你还知道哪些

  • 全网最完整的circos中文教程

  • DNA甲基化数据分析专题

  • 突变检测数据分析专题

  • mRNA数据分析专题

  • lncRNA数据分析专题

  • circRNA数据分析专题

  • miRNA数据分析专题

  • 单细胞转录组数据分析专题

  • chip_seq数据分析专题

  • Hi-C数据分析专题

  • HLA数据分析专题

  • TCGA肿瘤数据分析专题

  • 基因组组装数据分析专题

  • CNV数据分析专题

  • GWAS数据分析专题

  • 2018年推文合集

  • 2019年推文合集

  写在最后

转发本文至朋友圈,后台私信截图即可加入生信交流群,和小伙伴一起学习交流。

扫描下方二维码,关注我们,解锁更多精彩内容!

一个只分享干货的

生信公众号

最后

以上就是温暖战斗机为你收集整理的使用jupyter notebook运行python和R的全部内容,希望文章能够帮你解决使用jupyter notebook运行python和R所遇到的程序开发问题。

如果觉得靠谱客网站的内容还不错,欢迎将靠谱客网站推荐给程序员好友。

本图文内容来源于网友提供,作为学习参考使用,或来自网络收集整理,版权属于原作者所有。
点赞(60)

评论列表共有 0 条评论

立即
投稿
返回
顶部