linux python open,LINUX教学:openslide-python使用心得

《LINUX教学:openslide-python使用心得》要点：

本文介绍了LINUX教学:openslide-python使用心得，希望对您有用。如果有疑问，可以联系我们。

全扫描(whole slide image)图像非常的大,处理起来比拟麻烦,openslide提供了一个很好的接口,具体参考openslide官网http://openslide.org/api/python/

起首先导入模块,这里是openslide-matlab的安装

安装openslide-python下面两个敕令就可以了

sudo apt-get install openslide-tools

sudo apt-get install python-openslide

importopenslide

import openslide

(1)、opensilde.OpenSlide(filename)——读取图像

slide = openslide.OpenSlide('/media/xhj/LENOVO/data/Metastasis/Tumor_005.tif')

slide = openslide.OpenSlide('/media/xhj/LENOVO/data/Metastasis/Tumor_005.tif')

(2)、close()——封闭图像

slide.close()

slide.close()

level_count——幻灯片中的级别数.级别从0(最高分辨率)到level_count - 1(最低分辨率)编号.这里没理解slide级别数是什么意思,代码返回为10,可能应该是slide的层数,好比40倍,20倍,10倍等有多少层

level_count = slide.level_count

print 'level_count = ',level_count

level_count = slide.level_count

print 'level_count = ',level_count

上述代码获得 level_count =  10

(3)、dimensions        (width, height)在0级别下,也便是最高分辨率的情况下slide的宽和高(元组)

[m,n] = slide.dimensions #得出高倍下的(宽,高)(97792,219648)

print (m,n)

[m,n] = slide.dimensions #得出高倍下的(宽,高)(97792,219648)

print (m,n)

上述代码得到  (97792, 219648),图像够年夜的

(4)、level_dimensions[k]    得到(width, height)元组,k下级别k,是指在k水平下的下面举例就知道k的意思,每张全扫描最高级别是0,也便是最高分辨率,这个分辨率在不同的全扫描图片中是不一样的,有的第0层是40倍,第二层是10倍,而有的第0层是20倍,第二层是10倍,k指对应的层数

[m1,n1] = slide.level_dimensions[1] #级别k,且k必需是整数,下采样因子和k有关

print (m1,n1)      # m1 = m/下采样因子 此时k为1

[m1,n1] = slide.level_dimensions[1] #级别k,且k必需是整数,下采样因子和k有关

print (m1,n1) # m1 = m/下采样因子 此时k为1

上述代码得到        (49152, 110080)    如果k为2 得到  (24576, 55296)   k为3得到  (12288, 27648)

(5)、level_downsamples    每一个级别K的对应的下采样因子,下采样因子应该对应一个倍率

slide_level_downsamples = slide.level_downsamples[2]

print slide_level_downsamples

slide_level_downsamples = slide.level_downsamples[2]

print slide_level_downsamples

上述代码获得  3.97569444444

(6)、get_best_level_for_sownsample(downsample)  对给定的下采样因子返回一个下采样级别,downsamples必需是浮点数

slide_downsamples = slide.get_best_level_for_downsample(5.0)

print slide_downsamples

slide_downsamples = slide.get_best_level_for_downsample(5.0)

print slide_downsamples

上述代码获得  2

(7)、read_region(location, level, size)  返回一个RGBA图像,包括指定区域的内容.location指0级别下左上角位置的坐标,元组,level指级别,整数,size是(width, height)是元组,

tile = numpy.array(slide.read_region((0,0),6, (1528,3432)))

plt.figure()

plt.imshow(tile)

pylab.show()

tile = numpy.array(slide.read_region((0,0),6, (1528,3432)))

plt.figure()

plt.imshow(tile)

pylab.show()

上述代码可以得到左上角坐标(0,0),6级别下,年夜小是(1528,3432)的图

(8)、get_thumbnail(size)  返回一个缩略图的RGB图像,size为(width,height)元组

slide_thumbnail = slide.get_thumbnail((1528,3432))

tile = numpy.array(slide_thumbnail)

# scipy.misc.imsave('/home/xhj/PycharmProjects/openslide-experiment/save/thumbnail.jpg', tile)

plt.imshow(slide_thumbnail)

plt.imshow(tile)

pylab.show()

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