用excel做差异表达

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我是靠谱客的博主知性衬衫，最近开发中收集的这篇文章主要介绍用excel做差异表达，觉得挺不错的，现在分享给大家，希望可以做个参考。

首先准备数据：表达矩阵

ACC.uncv2.mRNAseq_RSEM_normalized_log2.txt（以下载的TCGA的数据，log之后的）

上面数据中01为tumor，11为normal

我们进行差异分析，就是看两组的表达值，是否差异，而检验的方法就是T检验

a=AVERAGE(B2:G2) ##求tumor组的平均表达量

b=AVERAGE(H2:O2) ##求normal的平均表达量

c=tumor-normal ##计算得到logFC值

d=AVERAGE(B2:O2) ##得到所有样本的平均表达量

e=F.TEST(B2:G2,H2:O2) ##F检验，两组方差齐性检验

p=if(e>0.05,T.TEST(B2:G2,H2:O2,2,2),T.TEST(B2:G2,H2:O2,2,3) ) ###用T检验得到两个组的表达量的差异显著程度。

***注意缺失数据的处理。

然后计算FDR

FDR=p.value*count(n)/k

在这里是p.value*16/[1:16]得出Q值

转载于:https://www.cnblogs.com/qiniqnyang/p/5821772.html

以上就是知性衬衫为你收集整理的用excel做差异表达的全部内容，希望文章能够帮你解决用excel做差异表达所遇到的程序开发问题。

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