用R语言绘制显示taxa特征值的散点图

    在系统发育分析时，经常会对树上taxa的性状进行描述性统计。对于离散型的变量，R中各种包（APE，phytools，etc）自带的函数可以较好解决问题，但对于连续型变量（如体长、体重等），则没有对应的函数进行显示。

   其实，可以通过Hmisc包中的dotchart3函数绘制“克利夫兰点图”，再将其拼接到系统发育树上解决此问题。效果如下图：

       图中，系统发育树右侧的dot plots是用dotchart3()绘制的taxa某个连续变量性状的值。其中，每个点的颜色、图标也可根据需要进行设定，用于同步显示与连续变量相关的离散变量的值。在此图中，点图表示的是各皿蛛的足长比，点颜色表示气管类型，点图标代表体色类型，点的位置和taxa在树上的位置对应。这样一图多用，是一种系统发育树上综合显示taxa各性状的好方法。

下面简单说一下实现方法：

1. R语言中安装Hmisc包

2.使用dotchart3()函数绘图。

   dotchart3 (x=[x],label=[tiplabel],
             groups = [len_x]:1,gdata =[x],gpch=[gpch],gcolor = [gcolor],
             color ="white",lcolor = "white")

其中：

x-  连续变量

tiplabel-  系统发育树的tiplabel

len_x-  连续变量的观测值的数量

gpch-   每个观测值显示时所用图标（见pch的refs）

gcolor-  每个观测值显示时的颜色

Cleveland dot plots原本用来对连续性变量进行描述性统计并显示相关统计值的。而为了实现我们的功能，对它的参数做了如下特殊的设定：（1）保证所有向量参数的顺序与系统发育树上taxa的显示顺序相同；（2）将每个各观测值分为一个group([len_x]:1)，gdata的值与x相同; (3) 每一个group分配独立的图标和颜色（[gpch][gcolor]）; (4) 观测值的背景色和辅助线设为与背景同色的白色，使图上仅显示group统计项的值（由于1个group中只有1个值，每组的值就是观测值）。

3. 使用PS、Illustrator等通用的绘图工具将dotchart与原来的系统发育树拼合在一起，并去除重复显示或多余的信息。

最后

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