cytoscape安装java_Cytoscape十讲之下载安装及使用

Cytoscape 的核心是网络，简单的网络图包括节点(node)和线/边/连接(edge)。界面介绍参数

全部适用于点/线的参数，我们可以称之为默认参数。

根据某些属性调节的参数带来的渐变或者离散的变化(这个属性，你可以在文件中自己添加一列)。

选中某些/个/条调节后适用的变化，如特定一条线型需要设置为波浪线。Node调节的内容节点：就是线线焦点

形状：圆型、正方形等

填充：Fill color

高度：Height

宽度：Width

边界：节点周围是否再涂边，比如一个圆，如果边界线全是灰色实线，现可调整为不同粗细线，不同颜色线，不同形状线条的属性。

描边后的边界形状：比如虚线实线、波浪线

边界颜色：渐变/离散颜色的属性

边界宽度：

标签

标签/字体的颜色、大小属性

不常用：

在节点上添加图片/表/误差棒等数据：Image/Chart 1

节点透明度：TransparencyEdge调节的内容

线的形状：Line Type  可以设置全部，根据属性设置渐变/筛选、或者设置某一条

线的宽度：Width

线的source形状：Source Arrow Shape--是否有箭头，默认没有，箭头是何种形式线的source颜色：source Arrow Unselected Paint

线的target形状：Target Arrow Shape

线的target颜色：默认黑色，Target Arrow Unselected Paint

线的透明度：Transparency

线里的Label：

设置线内的标签Label；好比节点内能写字/标签，那线也是有空间的

    这是线内标签的颜色Label Color，大小Label Font Size工具栏大家自己加载示例网络图，可以随便试一下工具栏的参数，这不做图片的截图介绍快捷操作栏直接上图网络图参数的设置导入图片后，需要设置target和source等参数；

下面展示了style里Node和Edge的部分设置，学会一个参数的三种变化的设置(即上面参数的介绍)，其他是相同的，只是功能不一样，这里需要大家摸索，自己尝试一下，就像摸索下载的一个美图软件一样。导入数据Style介绍

Style设置也就是Cytoscape的核心设置。Style的默认设置是第一排第二个红框，可以选择导入的格式；Properties可以勾选展示的设置选项，展示出来，即可进行相关设置；最大的红框即核心设置选项，包括了三部分设置，Node,Edge,network的设置(左下角进行选择)，每一部分都是该部分的设置按钮，需要重点学会！Node设置示例

比如Node里的“Border paint”颜色，修改描边颜色。第一个按钮白色是默认描边为白色。

第二个按钮，点击后就可以选择Type属性，根据文本里具有该列的属性来设置，当前选择离散设置(Discrete Mapping)，分别手动设置三种Type设置为红绿蓝。

第三个按钮，一般是对选择部分进行设置。

同样的做法，如果你需要设置“Border Width”，也可以设置描边的宽度，默认是“0.0”，即第一个按钮的设置；第二个按钮设置Type属性关联部分描边的Node，根据Type属性来更改默认，比如你可以设置具有Type1的Width为8，具有Type2的Width为8，具有Type3的Width为8，那么不具有Type属性的Width为默认0。第三个按钮也是设置选择的Node的边，小伙伴们可以试一下~，反正我是没需求测试过这个按钮，Node的某一条性状的设置我还可以用一下~~~~

Node的大小设置如下，通常我们不会再设置离散了，但是这样得根据设置的属性来判断；通常不设置离散(也是英文Discrete)，是因为属性是数值，而且有数字一般都是慢慢变大，这个有点类似于数量性状和质量性状的一点区别；因此大小我们通常设置渐变，选择“Continuous Mapping”Edge设置示例

对节点之间的线条的设置，诸如颜色，可以在“Stroke Color”，对于渐变颜色的设置，双击进去，再单击你要修改的地方，就可以自己修改各种中间色。

对于线条宽度(Width)，你也是可以设置的，这里不再赘述，同上；

其次，还可以在线条内编辑信息(Label)，同样对于线条内编辑的信息/字体的颜色(Label Color)和大小(Label Font Size)你也可以设置。

同样，线条也是可以和Node一样，设置透明度，范围在0-255。Network的设置

Network的设置，比如背景色，比如鼠标选择内容的确定。App功能的介绍

Cytoscape有很多小工具可以用来分析，但是需要先安装，找到“工具栏的Apps”，搜索要安装的小工具，点击“Install”安装功能即可。比如可以分析Go、KEGG，这里先不讲解。(后面会单独介绍各个APP)

其他设置windows电脑，按住ctrl键，左击滑动鼠标可以选择区域

对已经选中的区域，再按住ctrl键，可以不选择一些区域和节点

如果你想设置什么属性给某些区域，加载文本的时候，自己手动补进去一列属性给他一个这样可被区别对待的信息就好了

还有select等里对齐功能，上下对齐，水平对齐等

保存网络图，可以存成PDF，还可以存成.cys格式，保存下来已经存在的修改，方便下次进入继续修改等

导入数据还可以导入选择的数据库的数据，比如你搜索一个TP53，找到想导入的数据库，导入即可分析。