python计算圆的体积_python处理DICOM并计算三维模型体积

在已知dicom和三维模型对应掩膜的情况下，计算三维模型的体积。

思路：

1、计算每个体素的体积。每个体素为长方体，x，y为pixelspacing，z为层间距

使用pydicom.read_file读取dicom文件，dcm_tag.pixelspacing获取像素间距，dcm_tag.slicelocation 获取层间距

2、计算体素的个数

代码如下：

from pil import image

import numpy as np

import pydicom

import os

def get_pixels_no(bmp_data_dir):

pixels_no = 0

bmp_files = os.listdir(bmp_data_dir)

for bmp in bmp_files:

bmp_file = os.path.join(bmp_data_dir,bmp)

img = image.open(bmp_file)

img_array = np.array(img)

# img_array.dtype为布尔类型，需要转换为int类型，其累加和恰好为体素总和

img_array_int = img_array.astype(int)

pixels_no = pixels_no+img_array_int.sum()

return pixels_no

def get_pixel_info(dcm_data_dir):

pixel_infos = []

dcm_files = os.listdir(dcm_data_dir)

dcm_file_1 = os.path.join(dcm_data_dir,dcm_files[0])

dcm_tag_1 = pydicom.read_file(dcm_file_1)

# 获取像素间距.

spacex, spacey = dcm_tag_1.pixelspacing

# 获取层间距

# 有些 dcm图像并不是按照instancenumber进行排序的，不能直接用最后一张的slicelocation减去第一张，再除以张数

slicelocations = []

imagepositon_z = []

for dcm in dcm_files:

dcm_file = os.path.join(dcm_data_dir, dcm)

dcm_tag = pydicom.read_file(dcm_file)

slicelocations.append(dcm_tag.slicelocation)

imagepositon_z.append(dcm_tag.imagepositionpatient[2])

slicelocations_max =max(slicelocations)

slicelocations_min =min(slicelocations)

imagepositon_z_max = max(imagepositon_z)

imagepositon_z_min = min(imagepositon_z)

print(slicelocations_max)

print(slicelocations_min)

print(imagepositon_z_max)

print(imagepositon_z_min)

if slicelocations_max - slicelocations_min < 1e-10:

spacez = abs(imagepositon_z_max - imagepositon_z_min)/(len(dcm_files)-1)

else:

spacez = abs(slicelocations_max - slicelocations_min)/(len(dcm_files)-1)

pixel_infos = [spacex, spacey, spacez]

return pixel_infos

def get_volume(dcm_data_dir,bmp_data_dir):

pixel_infos = get_pixel_info(dcm_data_dir)

pixels_no = get_pixels_no(bmp_data_dir)

volume=pixel_infos[0]*pixel_infos[1]*pixel_infos[2]*pixels_no/1000

return volume

# dcm = pydicom.read_file(r"e:20181210090945_leng hongying f-44yvenous000.dcm")

# print(dcm)

# print(dcm.imagepositionpatient[2])

# print(dcm[0x0020, 0x0032].keyword,dcm[0x0020, 0x0032].value)

volume=get_volume(r"e:20181210090945_leng hongying f-44yvenous",r"e:20181210090945_leng hongying f-44yresultslungl")

print("体积为%.1f"%volume)

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最后

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