我是靠谱客的博主 满意月亮,这篇文章主要介绍CentOS7.9 无root权限编译安装 samtools 新版本1. 安装2. 功能Ref,现在分享给大家,希望可以做个参考。

1. 安装

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git clone https://github.com/samtools/samtools.git git clone https://github.com/samtools/htslib.git

先下载子模块

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$ cd htslib $ git submodule update --init --recursive $ make #编译库

开始编译主程序

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$ cd ../samtools $ autoheader # Build config.h.in (this may generate a warning about # AC_CONFIG_SUBDIRS - please ignore it). $ autoconf -Wno-syntax 新建文件夹: $ mkdir ~/bin/ $ ./configure prefix=/home/userName/ 注意: 这里需要高版本gcc,centOS7.9自带的4.8版本太古老!安装方法见下文链接。 $ make $ make install

C++ | 无root权限在centOS7.9上安装新版本gcc编译器

检查版本号

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$ samtools --version samtools 1.16.1-18-g410d910 Using htslib 1.16-10-g6366029 Copyright (C) 2022 Genome Research Ltd.

2. 功能

按照标签筛选序列,标签在文件中

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$ samtools view -D BC:barcodes.txt -o /data_folder/data.barcodes.bam /data_folder/data.bam

Ref

  • http://www.htslib.org/doc/samtools-sort.html

最后

以上就是满意月亮最近收集整理的关于CentOS7.9 无root权限编译安装 samtools 新版本1. 安装2. 功能Ref的全部内容,更多相关CentOS7.9内容请搜索靠谱客的其他文章。

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