1. 安装

git clone https://github.com/samtools/samtools.git
git clone https://github.com/samtools/htslib.git

先下载子模块

$ cd htslib
$ git submodule update --init --recursive
$ make #编译库

开始编译主程序

$ cd ../samtools
$ autoheader
# Build config.h.in (this may generate a warning about
# AC_CONFIG_SUBDIRS - please ignore it).
$ autoconf -Wno-syntax
新建文件夹: $ mkdir ~/bin/
$ ./configure prefix=/home/userName/
注意: 这里需要高版本gcc，centOS7.9自带的4.8版本太古老！安装方法见下文链接。
$ make
$ make install

C++ | 无root权限在centOS7.9上安装新版本gcc编译器

检查版本号

$ samtools --version
samtools 1.16.1-18-g410d910
Using htslib 1.16-10-g6366029
Copyright (C) 2022 Genome Research Ltd.

2. 功能

按照标签筛选序列，标签在文件中

$ samtools view -D BC:barcodes.txt -o /data_folder/data.barcodes.bam /data_folder/data.bam

Ref

• http://www.htslib.org/doc/samtools-sort.html

最后

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