1. 安装
复制代码
1
2
3git clone https://github.com/samtools/samtools.git git clone https://github.com/samtools/htslib.git
先下载子模块
复制代码
1
2
3
4$ cd htslib $ git submodule update --init --recursive $ make #编译库
开始编译主程序
复制代码
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11$ cd ../samtools $ autoheader # Build config.h.in (this may generate a warning about # AC_CONFIG_SUBDIRS - please ignore it). $ autoconf -Wno-syntax 新建文件夹: $ mkdir ~/bin/ $ ./configure prefix=/home/userName/ 注意: 这里需要高版本gcc,centOS7.9自带的4.8版本太古老!安装方法见下文链接。 $ make $ make install
C++ | 无root权限在centOS7.9上安装新版本gcc编译器
检查版本号
复制代码
1
2
3
4
5$ samtools --version samtools 1.16.1-18-g410d910 Using htslib 1.16-10-g6366029 Copyright (C) 2022 Genome Research Ltd.
2. 功能
按照标签筛选序列,标签在文件中
复制代码
1
2$ samtools view -D BC:barcodes.txt -o /data_folder/data.barcodes.bam /data_folder/data.bam
Ref
- http://www.htslib.org/doc/samtools-sort.html
最后
以上就是满意月亮最近收集整理的关于CentOS7.9 无root权限编译安装 samtools 新版本1. 安装2. 功能Ref的全部内容,更多相关CentOS7.9内容请搜索靠谱客的其他文章。
本图文内容来源于网友提供,作为学习参考使用,或来自网络收集整理,版权属于原作者所有。
发表评论 取消回复