GBD数据库相关文献中的EAPC怎么算？

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我是靠谱客的博主彪壮小丸子，这篇文章主要介绍GBD数据库相关文献中的EAPC怎么算？，现在分享给大家，希望可以做个参考。

发现近年来好多人利用GBD数据库发了很多文章。
GBD数据库（http://ghdx.healthdata.org/gbdresults-tool）中关于疾病的发生率、死亡率、DALY等数据都是现成的，所以主要的工作量包括：

下载数据并整理成表格：用R比较方便，用Excel也行；
数据的可视化（画图）：用R的ggplot包比较方便，推荐参考书籍：
Winston Chang. R数据可视化手册（异步图书）人民邮电出版社
相关变化趋势的计算：常用方法的是Estimated annual percentage change (EAPC)，其原理推荐参考文献：
Hankey BF, et al. Partitioning linear trends in age-adjusted rates. Cancer Causes Control CCC 2000; 11(1):31-5.
变化趋势的预测：见我的另一篇博文 《利用GBD数据库做未来疾病负担预测》

下面要讲的是EAPC的计算：

1. 数据的整理

以某病的年龄标准化发病率（ASIR）为例：

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rm(list = ls())
library(data.table) #个人习惯，喜欢用这个包
library(tidyverse) #个人习惯，为了用管道符
years <- fread('I:/years_locations.csv')
regions_years_ASIR <- years[measure_name == 'Incidence' &
#发病率
age_name == 'Age-standardized' &
#年龄标准化的
metric_name == 'Rate' & #率（每10万人）
location_id %in% c(1,44637,44636,44639,44634,
44635,32,42,56,70,
65,100,96,73,120,
104,124,134,138,159,
5,21,9,167,174,
192,199) & #关注的地理区域
sex_name == 'Both',] #所有性别

2. 计算EAPC

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EAPC_ASIR <- data.table() #搞个空表格
for (i in unique(regions_years_ASIR$location_id)) {
#因为要算每个区域的变化趋势，所以按地理区域编号，一个个拎出来计算
temp <- regions_years_ASIR[location_id == i, ]
#进行Log变化是因为这个方法基于一个假设：发病率经log变换后其逐年的变化呈线性
temp$lograte <- log(temp$val)
#线性回归
fit <- lm(lograte ~ year, temp)
b <- coefficients(fit)
CI <- confint(fit)
#斜率以及置信区间
EAPC0.5 <- format(round(100 * (exp(b[2]) - 1), digits = 2), nsmall = 2)
EAPC0.975 <- format(round(100 * (exp(CI[4]) - 1), digits = 2), nsmall = 2)
EAPC0.025 <- format(round(100 * (exp(CI[2]) - 1), digits = 2), nsmall = 2)
#顺手整理一下数据
location_id <- regions_years_ASIR$location_id[regions_years_ASIR$location_id == i] %>% unique()
EAPC <- cbind(location_id, EAPC0.025, EAPC0.5, EAPC0.975)
EAPC_ASIR <- rbind(EAPC_ASIR,EAPC)
}

3. 整理结果

用R进行数据整理可以避免很多重复劳动

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EAPC_ASIR <- EAPC_ASIR[,.(location_id, EAPC_ASIR = paste(EAPC_ASIR$EAPC0.5,' (',
EAPC_ASIR$EAPC0.025, ' to ',
EAPC_ASIR$EAPC0.975, ')', sep = ''))]
write.csv(EAPC_ASIR, 'I:/EAPC_ASIR.csv')